Ihren Ursprung nahm die Abteilung im Sommer 2006 mit einem Schnuppertraining, zu dem statt der erwarteten kleinen Gruppe rund 40 fußballbegeisterte Mädchen erschienen. Bereits im ersten Jahr nahm die SG 99 mit Juniorinnenmannschaften am Spielbetrieb teil und legte damit den Grundstein für die spätere Entwicklung der „Bäckermädchen“.
Aufstieg bis in die 2. Frauen-Bundesliga
Ein wichtiger Schritt folgte 2007 mit dem Wechsel der Frauenmannschaft des BSV Weißenthurm nach Andernach. Bereits in der Saison 2007/08 gelang der Aufstieg in die Rheinlandliga. Nach dem Ausbau der Infrastruktur am Stadion ab 2010 setzte sich auch die sportliche Entwicklung fort.
2014 stiegen die Andernacherinnen als ungeschlagener Verbandsmeister in die Regionalliga Südwest auf. Im selben Jahr erreichte die Mannschaft im DFB-Pokal mit einem Sieg gegen den Zweitligisten SV Weinberg die zweite Runde und traf dort auf den späteren Champions-League-Sieger 1. FFC Frankfurt.
Etablierung im deutschen Frauenfußball
2017 gelang erstmals der Aufstieg in die 2. Bundesliga Süd. Nach einer Saison in der Regionalliga kehrte die Mannschaft 2019 in die inzwischen eingleisige 2. Frauen-Bundesliga zurück. Dort etablierte sich die SG 99 Andernach in den vergangenen Jahren und erreichte unter anderem den vierten Tabellenplatz in der Saison 2021/22.
Nach dem Klassenerhalt in der Saison 2024/25 schloss die Mannschaft die Spielzeit 2025/26 auf Rang sechs ab. Den Saisonabschluss bildete ein 5:4-Auswärtssieg bei Borussia Mönchengladbach.
Nachwuchsarbeit als wichtiger Bestandteil
Neben der ersten Mannschaft gehören weitere Frauen- und Nachwuchsteams zur Frauen- und Mädchenabteilung. Mit der zweiten Mannschaft, der U23, der U19 sowie den Juniorinnenmannschaften setzt die SG 99 Andernach weiterhin auf die Ausbildung und Entwicklung junger Spielerinnen.
Zum 20-jährigen Bestehen blickt die Frauen- und Mädchenabteilung damit auf zwei Jahrzehnte Entwicklung vom ersten Schnuppertraining bis zur festen Größe im Frauenfußball der Region zurück.