In Neuwied ging er zur Schule und liebte den Sport . Mit englischen Schülern spielte er in Neuwied Fußball. Er betrieb aber auch andere Sportarten: Leichtathletik, Eisschnelllauf, Fechten und Reiten. 1,85 m sprang er hoch. Das war damals Weltrekord. Hueppe besuchte das Progymnasium in Neuwied, absolvierte die Obersekunda in Koblenz und kam dann zum schulischen Abschluss in das Gymnasium nach Weilburg.
Am militärischen Friedrich-Wilhelm-Institut in Berlin studierte er ab 1872 Medizin. 1876 promovierte er, leistete seinen Militärdienst als Arzt in Rastatt, um dann wieder nach Berlin zu kommen. Von 1980 bis 1984 arbeitete er am Kaiserlichen Gesundheitsamt und war dort ein enger Mitarbeiter von Prof. Robert Koch, der später den Erreger der Tuberkulose entdeckte und mit dem Nobelpreis ausgezeichnet wurde. 1989 erhielt Hueppe einen Lehrstuhl für Hygiene an der Karls-Universität in Prag. Zuvor hatte er den Aufbau einer Abteilung für Bakteriologie beim Institut Fresenius in Wiesbaden geleitet. Als ordentlicher Professor leitete er das Prager Institut bis zu seiner Pensionierung im Jahre 1912. Anschließend zieht er nach Dresden.
Neben der Naturwissenschaft spielt der Sport im Leben des Ferdinand Hueppe eine große Rolle. Fußball in Neuwied. Als Berliner Student wird er Mitglied der Berliner Turnerschaft. 1890 ruft er den Zentralausschuss für Jugend-und Volksspiele ins Leben. Die ersten Olympischen Spiele 1896 in Athen erlebt er als Kampfrichter. Und 1898 wird er der Mitbegründer der Deutschen Sportbehörde, aus dem später der Deutsche Leichtathletik-Verband wird. Eine große Nähe hat er auch zur FKK-Bewegung.
In Prag wird Prof. Ferdinand Hueppe Vorsitzender des Deutschen Fußball-Club Prag und vertritt diesen am 28.Januar 1900 auf der Gründungsversammlung des Deutschen Fußball-Bundes in Leipzig. Er fällt auf durch seine ausgleichende Art. Außerdem genießt er Ansehen durch die Herausgabe seines Standartwerks „Hygiene der Leibesübungen“. Am 7.Oktober 1900 wurde er in Frankfurt zum ersten Vorsitzenden des DFB gewählt. Als der DFB 1904 der FIFA beitrat mussten die Prager Vereine aus dem Verband ausscheiden. Hueppe trat als Vorsitzender zurück und wurde zum Ehrenmitglied des DFB ernannt. DFB-Ehrenmitglied ist er bis heute, so wie Franz Beckenbauer, FIFA-Präsident Sepp Blatter oder Bundeskanzler Gerhard Schröder.
Die Stadt Neuwied würdigte ihren Bürger Ferdinand Hueppe durch die Umbenennung des Stadions in „Ferdinand-Hueppe-Stadion“. Im Dezember 2oo5 beschließt der Stadtrat, diese Entscheidung rückgängig zu machen. Der Name Ferdinand Hueppe wird aus dem Stadionnamen gestrichen. Noch im Jahre 2000 hatte der Deutsche Fußball-Bund aus Anlass seines 100jährigen Bestehens seiner Präsidenten gedacht. Der damalige DFB-Präsident Egidius Braun erinnerte in seiner Ansprache „an die Menschen , die unseren Sport durch ihre Haltung und Lebensleistung und durch ihr vorbildliches Tun gestaltet und geprägt haben“. Gemeint war damit auch der erste DFB-Präsident Prof. Ferdinand Hueppe.
Dabei hatte die Forschung schon damit begonnen, das Wirken von Prof. Hueppe zu hinterfragen. Dazu gehört 2oo6 auch eine Forschung des Trierer Wissenschaftlers Thomas Schnitzler. Es ging um das Weltbild von Hueppe bezogen auf die Rolle des Fußballs. Die Wissenschaftler deckten auf, dass es Hueppe in seinen Darstellungen darum ging, den Fußball mit der Rassenhygiene zu verbinden. Sein Blick war, den Fußball als Maßnahme für den „Überlebenskampf der germanischen Herrenrasse“ zu sehen. Auch in der FKK-Bewegung sah er in erster Linie den Gedanken der „Zuchtwahl“.
Für Dr. Thomas Schnitzler war Hueppe ein „ideologischer Wegbegleiter der nationalsozialistischen Rassenlehre“. Später bekannte sich Hueppe übrigens auch zur NS.
Der erste Präsident des DFB war eine höchst schillernde Persönlichkeit. Sein Verdienst im Fußball liegt darin, dass er als Erster für ein einheitliches Regelwerk sorgte. Auch in der Olympischen Sportbewegung machte er sich verdient. Seine Liebe zum Sport ist unumstritten. Seine Ansichten über den Wert des Sportes stoßen ab. Auch 87 Jahre nach seinem Tod sorgt der Neuwieder für Diskussionen. Dennoch kann die Geschichte nicht umgeschrieben werden. Stadien können einen neuen Namen bekommen, die Tatsache, dass Hueppe der erste Präsident des Deutschen Fußball-Bundes war, bleibt.